这个问题涉及到合同的签订主体及开票和收款主体的一致性问题。根据《企业会计准则》的相关规定：

一般情况下，企业销售货物或提供劳务，应当按照合同约定的条件发出商品或提供劳务，并向购买方开具增值税发票。销售合同通常会规定买卖双方的责任与权利，包括销售对象、价格、付款方及开票信息等。

1. 如果分公司是销售合同的签订主体，理论上销售发票应当开具给与合同签订关系的主体，也就是分公司。这是因为发票是交易的主要凭证之一，应当与合同的实际执行一致。

2. 尽管如此，有时总公司可能会代表分公司进行收款，原因可能是集团内部资金统一管理的需要。企业内部的货款收取方式则需要符合企业的内部管理制度和相关税法规定。

3. 关键在于，无论发票开具给谁，企业都需要确保这一做法符合税务法规并得到税务局的认可，因为涉及到增值税进项税额的认证及企业所得税的计算问题。

4. 如果是因为集团内部资金统一管理，分公司与总公司之间存在内部调拨或资金往来的情况，这种情形下，即使销售合同是与分公司签订的，但发票可能开具给总公司，这需要总公司和分公司在内部做相应的会计处理，确保交易、开票、记账与实际资金流动的一致性。

5. 另外，开具发票给总公司可能需要评估双方是否存在关联方关系，如果存在关联方交易，则必须确保交易遵循独立交易原则，并按照公允价值合理结算。

综上所述，是否可以将销售发票开具给非合同签订主体（如总公司），需要综合企业内部管理制度、税法规定以及实际操作的合理性等因素进行考虑，并确保符合《企业会计准则》。具体操作前，建议咨询税务顾问或相关专业人士，确保合法合规。