根据企业会计准则第11号——股份支付（2006）-第一章 总则-第二条，股份支付分为以权益结算的股份支付和以现金结算的股份支付。以权益结算的股份支付，是指企业为获取服务以股份或其他权益工具作为对价进行结算的交易。以现金结算的股份支付，是指企业为获取服务承担以股份或其他权益工具为基础计算确定的交付现金或其他资产义务的交易。

选项分析： A. 委托证券公司代理发行股票而支付的手续费、佣金应从资本公积中扣除。这个选项是正确的，因为根据企业会计准则第11号，与发行权益性证券直接相关的手续费、佣金等交易费用，应当抵减权益性证券溢价收入，溢价收入不足冲减的，冲减留存收益。

B. 收到投资者超出其所占注册资本份额的投资应计入资本公积。这个选项也是正确的，因为根据企业会计准则第11号，企业收到投资者出资额超出其在注册资本或股本中所占份额的部分，应当计入资本公积。

C. 新加入投资者出资价格高于原有投资者的出资价格，则说明新加入投资者出资价格不公允，超出部分不应计入资本公积。这个选项是错误的，因为新加入投资者的出资价格高于原有投资者的出资价格，并不一定说明出资价格不公允。只要交易是公平的，超出部分应当计入资本公积。

D. 经股东大会决议用资本公积转增股本的，应从资本公积（其他资本公积）转入股本。这个选项是正确的，因为根据企业会计准则第11号，经股东大会或类似机构决议，用资本公积转增资本的，应当借记资本公积（资本溢价或股本溢价），贷记“实收资本”或“股本”科目。

正确答案是 A. 委托证券公司代理发行股票而支付的手续费、佣金应从资本公积中扣除、B. 收到投资者超出其所占注册资本份额的投资应计入资本公积、D. 经股东大会决议用资本公积转增股本的，应从资本公积（其他资本公积）转入股本。