软件集成企业在进行增值税自查时，可以参照以下要点制作自查表：

1. 销项税额的计算与申报：检查销项税额的计算是否准确，包括确认收入确认的时间是否正确，税率适用是否准确，以及销项税额的计算是否符合《增值税会计处理规定》。

2. 进项税额的抵扣：核实所有成本和费用单据，确保进项税额抵扣的合法性，包括审查供应商开具的增值税专用发票是否合规，以及进项税额的抵扣是否符合规定。

3. 减免税款和优惠政策：检查是否正确利用了软件行业的增值税优惠政策，如小微企业免征增值税的处理，以及初次购买增值税税控系统专用设备和技术维护费的抵减增值税处理。

4. 留抵税额的处理：确认期末留抵税额的账务处理是否正确，包括留抵税额的转出和后期允许抵扣时的账务调整。

5. 会计科目和专栏设置：核实“应交税费——应交增值税”等科目的设置和使用是否合规，确保销项税额、进项税额等专栏的运用无误。

6. 会计处理的准确性：检查所有涉及增值税的会计处理是否符合税法和会计准则的规定，如收入确认、成本费用的分摊、税控设备和技术维护费的抵减增值税处理等。

7. 视同销售和简易计税：确认视同销售行为的会计处理，以及简易计税方法的运用是否正确。

8. 会计信息的完整性：确保所有的会计信息和记录都完整无误，包括会计凭证、账簿记录和财务报表的编制。

通过以上各项的自查，软件集成企业可以确保增值税的核算准确无误，避免潜在的税务风险。