盘存涉及的税务问题主要是存货的增值税处理。如果在盘存中发现存货短缺，即盘亏，需要考虑以下几点：

1. 如果盘亏的存货在购入时已经取得了增值税专用发票并抵扣了进项税额，那么根据《增值税暂行条例》的规定，非正常损失的购进货物的进项税额应当作转出处理，即需要从进项税额中转出，增加企业的应纳税额。

2. 盘盈的存货则需要按照确定的成本入账，并相应增加资产基金。在税务上，盘盈的存货可能需要视同销售处理，计算应纳增值税。

3. 对于报废、毁损的库存物品，如果产生了清理收入，清理中取得的变价收入扣除清理费用后的净收入（或损失）可能会影响当期的应纳税所得额。

4. 在年终盘点时，如果存货的可变现净值低于其成本，可能需要计提存货跌价准备，这个跌价准备会影响企业所得税的计算，因为存货的账面价值降低可能会导致利润下降，进而减少应纳税所得额。

因此，企业在进行存货盘点时，不仅要关注财务处理，还要同步考虑税务影响，确保符合税法规定。