根据企业会计准则第20号——企业合并（2006）-第三章 非同一控制下的企业合并-第十二条，购买方在购买日对作为企业合并对价付出的资产、发生或承担的负债应当按照公允价值计量。因此，在非同一控制下的企业合并中，购买方取得的固定资产应当按照购买日的公允价值入账，而不是按照被收购方的账面净值入账。

至于是否需要凭发票入账，企业会计准则并没有明确规定必须依赖发票来确认公允价值。公允价值的确定通常需要依据市场价格、评估报告或其他可靠的估值方法。如果发票上的金额能够代表公允价值，那么可以作为确认公允价值的依据之一。但如果发票金额不能准确反映公允价值，企业应当采用其他适当的方法来确定公允价值。

因此，按公允价值入账时，不一定需要凭发票入账，关键是要确保所采用的公允价值是合理且可靠的。