根据企业会计准则，对于因自然灾害导致的库存物品毁损，其进项税额不需要转出。而对于因管理不善导致的库存物品霉烂，其进项税额需要转出。

对于霉烂的免税农产品，其账面成本为43000元，其中包括支付给一般纳税人运输企业的运费成本为3000元。根据增值税的规定，运费成本对应的进项税额可以抵扣。因此，需要计算转出的进项税额。

首先，计算农产品部分的进项税额转出： 农产品的账面成本 = 43000 - 3000 = 40000元 农产品的进项税额 = 40000 / (1 + 9%) * 9% = 3302.75元

其次，计算运费部分的进项税额转出： 运费的进项税额 = 3000 / (1 + 9%) * 9% = 250元

总进项税额转出 = 3302.75 + 250 = 3552.75元

因此，该大型超市当期应转出进项税额为3552.75元。选项中没有这个答案，但根据计算结果，最接近的选项是D.4252.75元。