部分贸易收入按总额法确认收入可能存在瑕疵，理由如下：

1. 控制权转移：根据企业会计准则，企业应当根据其在向客户转让商品前是否拥有对该商品的控制权来判断其身份是主要责任人还是代理人。如果企业在商品转移给客户之前并不控制商品，而是仅作为中介，那么企业应当按照净额法确认收入，而非总额法。

2. 商业实质：如果贸易活动缺乏真实的商业实质，例如虚构贸易背景、人为增加交易环节，或者上下游之间存在特定的利益关系，这可能表明企业并不是主要责任人，不应按总额法确认全部收入。

3. 发票和信用风险：虽然全额开具发票和承担信用风险有时可能被用作按总额法确认收入的理由，但新收入准则并未将这些作为判断标准。信用风险的影响通常由金融工具相关会计准则处理，而不是收入准则。

4. 存货风险：如果企业不承担存货的风险，即商品价格波动、滞销等风险，那么企业可能不是主要责任人，不应按总额法确认收入。

5. 价格透明度和加价空间：在某些行业中，如大宗商品贸易，商品价格透明且渠道可替代性强，如果企业的加价空间有限，这可能表明企业是代理人，应按净额法确认收入。

6. 合同条款：如果合同中未明确规定价格调整事项，企业单方面调整预计总收入可能不恰当，尤其是当这种调整直接影响收入和利润时。

因此，如果贸易收入的确认不符合上述条件，可能存在收入确认的瑕疵，需要根据实际情况和适用的会计准则进行调整。