注销分公司的往来在合并财务报表中需要进行抵销处理。当总公司与分公司之间存在内部交易，如应收账款和应付账款时，这些往来在合并财务报表中应当相互抵销，以消除内部交易的影响。具体抵销分录如下：

1. 假设总公司对分公司有应收账款，而分公司有相应的应付账款： 借：应付账款（分公司） 贷：应收账款（总公司）

2. 如果分公司有对总公司的预付款，表现为分公司的一项资产，而总公司有对应的预收账款，表现为总公司的负债： 借：预收账款（总公司） 贷：预付款项（分公司）

3. 如果分公司有对总公司的预收款，表现为分公司的负债，而总公司有对应的预付款项，表现为总公司的资产： 借：预付款项（分公司） 贷：预收账款（总公司）

4. 如果分公司注销，其所有资产和负债应转移到总公司，此时需要调整总公司的账面价值，反映分公司资产和负债的接收。这通常涉及对分公司资产和负债的评估，以确定其在合并财务报表中的公允价值。

5. 如果分公司有坏账准备，这部分也需要在合并时抵销： 借：资产减值损失（总公司） 贷：坏账准备（分公司）

这些抵销分录确保合并财务报表中不会反映内部交易和内部资金流动，只反映外部交易和集团的整体财务状况。在实际操作中，需要根据具体情况进行详细的账务处理，并遵循企业会计准则的相关规定。