在分公司注销的情况下，分公司与总公司的往来需要在合并财务报表中进行抵消处理。根据企业会计准则，以下是一般步骤：

1. 识别内部往来：确定分公司与总公司的应收账款和应付账款余额。
2. 抵消内部交易：在合并财务报表工作底稿中，通过抵销分录消除内部交易的影响。例如，如果分公司欠总公司款项，会借记“应付账款”（分公司），贷记“应收账款”（总公司）。
3. 处理坏账准备：如果分公司对总公司的应收账款计提了坏账准备，这部分也需要抵消。相应的，借记“资产减值损失”，贷记“应收账款（坏账准备）”。
4. 抵销未实现内部销售损益：如果内部交易涉及存货、固定资产等，未对外销售的部分，应抵销相关的营业成本和营业收入，以及与之相关的资产的跌价准备或减值准备。
5. 抵销投资收益和利息：母公司的投资收益与子公司的利息费用相互抵销。
6. 抵销长期股权投资收益：母公司的长期股权投资收益与子公司的利润分配相互抵销。
7. 抵销其他内部交易：其他内部交易的影响也应进行抵销。

在实际操作中，应根据具体交易类型和会计准则进行详细的账务处理，并确保抵销分录准确反映内部交易的性质和影响。