当分公司注销时，与总公司的内部往来需要进行清理和抵消。根据企业会计准则，以下是一般的处理步骤：

1. 确认内部往来余额：首先，确定分公司与总公司之间的应收账款和应付账款余额。

2. 抵消内部往来：在合并财务报表中，通过抵销分录消除这些内部交易的影响。例如，如果分公司欠总公司100万元，那么在合并报表中，会做如下分录： 借：应付账款 - 100万 贷：应收账款 - 100万

3. 处理坏账准备：如果分公司对总公司的应收账款计提了坏账准备，这部分也需要抵消。假设计提了20万元的坏账准备，则分录如下： 借：资产减值损失 - 20万 贷：应收账款（坏账准备）- 20万

4. 清算处理：分公司注销后，其资产、负债（包括内部往来）将转移到总公司。如果分公司有净资产，这部分将作为投资收益或资本增加；如果有净负债，总公司需要承担这部分债务。

请注意，具体的会计处理可能需要根据当地法规和公司的具体情况来调整。在实际操作中，应由专业的会计师根据实际情况进行账务处理。