在子公司将其在建工程转至母公司账上的过程中，可能会涉及税费，尤其是如果涉及资产转让时。根据企业会计准则和税法规定，内部交易可能产生暂时性差异，影响递延所得税的计算。例如，如果在建工程的账面价值和计税基础之间存在差异，根据《企业会计准则第18号——所得税》的规定，可能需要确认递延所得税资产或负债。此外，如果在建工程完成后转为固定资产，根据税法，可能需要考虑折旧费用的税前扣除，这可能会影响企业的应纳税所得额。

在合并财务报表时，内部交易的未实现损益通常会被抵销，但相关的税务影响需要在个别报表和合并报表层面分别考虑。如果子公司改为分公司，企业所得税的处理也会发生变化，可能需要按照税法规定重新确定计税基础。

因此，这个过程中确实可能涉及税费问题，需要根据具体情况和适用的税法进行详细的会计处理。