增值税专用发票和普通发票在会计处理上有显著区别。根据企业会计准则，增值税专用发票主要用于企业之间的商务交易，可以作为进项税抵扣的依据。当企业收到增值税专用发票时，可以将发票上注明的进项税额借记“应交税费——应交增值税（进项税额）”科目，从而减少应缴纳的增值税。如果发生退货，需要根据红字增值税专用发票做相反的会计分录。

相比之下，普通发票不包含可用于进项税抵扣的信息，因此，企业收到普通发票时，不能进行进项税抵扣。在会计处理上，普通发票的金额通常直接计入相关成本或费用，而不涉及增值税的抵扣环节。

在实际操作中，企业应根据自身的增值税纳税人身份（一般纳税人或小规模纳税人）和交易性质来选择使用和处理不同类型的发票。小规模纳税人通常不能抵扣进项税，因此他们收到的增值税专用发票通常不涉及进项税的抵扣。