政府专项项目中，作为合作方收到的资金如何处理取决于这笔资金的性质和合同条款。如果这笔钱是作为政府补助，与企业日常活动相关，且不是对商品或服务的对价，那么根据企业会计准则第16号——政府补助（2017），这笔资金应当确认为其他收益。在收到或应收时，借记“银行存款”等科目，贷记“其他收益”科目。

然而，如果这笔资金是作为项目服务的对价，即政府购买了企业提供的商品或服务，那么这笔收入应当确认为主营业务收入，因为它代表了企业日常经营活动的成果。在这种情况下，企业会按照收入确认的原则，将收入和相关成本匹配，计入主营业务收入。

因此，关键在于判断这笔资金是否构成了政府购买服务的对价，还是属于政府对企业的一种无偿支持。如果无法明确区分，通常需要根据合同条款和经济实质来判断。如果合同明确规定了服务内容和价格，且与企业日常经营活动紧密相关，那么通常应确认为主营业务收入。如果资金的获取是基于非交换交易，即政府补助，那么应确认为其他收益。