项目专项经费的会计处理取决于这笔资金是否与企业的日常活动相关。根据企业会计准则第16号——政府补助（2017），如果项目专项经费与企业的日常活动相关，应当按照经济业务的实质，计入其他收益或冲减相关成本费用。如果与日常活动无关，那么应当计入营业外收支。

案例中提到的A公司承担的绿色建筑科技合作项目，由于是为企业提供咨询服务，这通常被视为企业的日常经营活动。因此，A公司收到的“科技合作专项经费”应当视为与日常活动相关的政府补助。在2017年5月收到的30万元，并且向管委会开具了增值税专用发票，这表明这笔资金是作为提供服务的对价，因此，这笔收入应当确认为主营业务收入，而不是其他收益。

总结来说，项目专项经费如果是企业日常经营活动的对价，应确认为主营业务收入；如果与日常活动无关，则计入营业外收入。A公司的案例中，由于提供了服务并开具了发票，所以这笔资金应计入主营业务收入。