公司在归集研发费用时可能会遇到以下问题：

1. 资本化与费用化界限模糊：公司可能在判断研发支出是否满足资本化条件时出现困难，导致部分应费用化的支出被错误地资本化，或反之。

2. 费用分类不准确：研发费用可能被错误地归入其他费用类别，如管理费用、销售费用或制造费用，这会影响财务报表的准确性。

3. 内部管控不足：缺乏有效的内部控制系统可能导致研发费用的记录和追踪不准确，如未对研发项目进行单独核算，或未及时更新研发项目的进度和成本。

4. 异常或偶发费用处理不当：大额或异常的研发支出可能没有经过充分的商业合理性分析，可能导致费用被错误地记录或遗漏。

5. 关联方交易处理：涉及关联方的研发合作可能未按照关联方交易的原则进行恰当的会计处理，如未公允定价或未披露相关信息。

6. 研发项目的持续性评估：随着市场和技术的变化，公司可能需要重新评估已资本化的研发项目，但未及时进行减值测试或调整。

7. 合规性问题：公司可能未遵循适用的会计准则和税务法规，如未正确处理研发税收优惠政策，导致财务报表不合规。

8. 内部控制有效性：内控系统的弱点可能导致研发费用的核算和报告出现错误，如未充分识别和测试与研发费用核算相关的内部控制。

9. 信息披露不充分：在财务报告中，公司可能未充分披露研发费用的详细信息，包括资本化和费用化的金额、项目和理由，这可能影响投资者的决策。

为解决这些问题，公司应建立健全的研发费用管理制度，明确资本化和费用化的标准，强化内部审计和控制，确保研发费用的准确记录和报告。同时，管理层应定期评估研发项目的进展和成本，以及与之相关的会计政策和估计的合理性。