在归集研发费用时，可能出现的合规性问题包括：

1. 资本化与费用化界限不清：未能准确区分研发支出中满足资本化条件的部分和应费用化的部分，可能导致财务报表不准确。

2. 内部控制缺陷：缺乏有效的内部控制措施，可能导致研发费用的记录和分配不准确，影响财务报告的可靠性。

3. 不合规的费用分类：将不应计入研发费用的支出（如行政管理费用）错误地归集到研发费用中，违反了会计准则的要求。

4. 关联方交易处理不当：与关联方进行的研发合作可能未按照关联方交易的规定进行会计处理，如未公允定价或未充分披露。

5. 核销和坏账准备：对于逾期未收回的其他应收款，可能未按照规定进行核销或提取坏账准备，影响财务状况的反映。

6. 税务合规：未按照税法规定处理研发费用的加计扣除，可能导致税务风险。

7. 信息披露不足：在财务报告中，未充分披露研发费用的详细信息，如资本化和费用化的金额、项目和理由，可能违反信息披露要求。

8. 预算与实际支出不符：研发项目的预算管理和实际支出可能存在较大偏差，未及时调整预算或监控支出，可能引发合规问题。

9. 研发费用资本化的时间点判断错误：如果在技术可行性尚未确定时就将支出资本化，可能违反会计准则。

为确保合规，公司应严格执行会计准则，建立完善的内控制度，确保研发费用的归集、记录和报告准确无误，并及时进行必要的调整和披露。同时，应与审计师保持良好沟通，确保财务报告的合规性。