当公司亏损导致少数股东权益为负值，少数股东选择退出，若控股股东以0元价格回购这些股权，根据企业会计准则，控股股东需要将这部分股权的回购价款与子公司净资产中少数股东权益的负值相比较。如果回购价款低于负的少数股东权益，差额会减少母公司的资本公积或直接计入合并利润表中的投资收益。如果回购价款高于负的少数股东权益，理论上不应由母公司承担，可能需要进一步评估是否涉及其他协议安排或法律义务。

在合并财务报表中，少数股东权益的负值会继续体现，直到子公司未来的盈利能够弥补这一亏损。控股股东合并处理时，应按照以下步骤进行： 1. 计算少数股东权益的负值。 2. 确定回购价格（在这种情况下为0元）。 3. 如果0元回购价低于少数股东权益的负值，差额调整母公司的资本公积或投资收益。 4. 如果0元回购价高于少数股东权益的负值，不需进一步调整，因为母公司没有实际支付额外金额。

请注意，这种处理方式可能会对母公司的财务状况和合并报表的股东权益结构产生影响。