根据企业会计准则第6号——无形资产（2006）的规定，无形资产应当按照成本进行初始计量。如果无形资产是按进度支付的，那么在支付过程中，相关支出应资本化并计入无形资产的成本，直到无形资产达到预定用途。当无形资产竣工后，所有与之相关的成本应当已经全部资本化到无形资产科目。如果还有未支付的款项，这部分金额应根据其性质（如是否具有融资性质）来处理。

如果支付的款项不涉及融资性质，应将剩余未支付的款项作为应付账款或其他应付款处理。如果涉及融资性质，无形资产的成本应基于购买价款的现值来确定，实际支付的价款与现值之间的差额可能需要在信用期间内摊销或资本化为利息费用。

在竣工后，企业应确保无形资产的账面价值反映其全部成本，包括所有直接相关的支出。同时，如果无形资产预计不能为企业带来经济利益，应根据准则进行减值测试，并可能需要计提减值准备。

因此，竣工后的入账处理应包括将所有相关成本归集到无形资产科目，并根据实际情况处理剩余的未支付款项。