在审计过程中，如果发现其他应付款项目中没有明确的协议支持，审计师需要执行以下步骤来认定这些款项的性质和合理性：

1. 审查相关支持性文件：审计师应要求企业提供相关的发票、收据、合同或任何其他书面证据，以证明这些应付款项的存在和合理性。

2. 确认交易真实性：审计师需要通过询问管理层、员工或第三方，确认交易的真实性，并理解款项产生的背景和原因。

3. 分析性程序：审计师可能会运用分析性程序，比如比较历史趋势、与同行业数据的对比，以判断这些应付款项是否符合企业的正常经营活动。

4. 函证：审计师可能会选择向债权人发送函证，以确认债务的存在和金额的准确性。

5. 评估管理层解释：如果缺乏书面协议，审计师需要评估管理层提供的口头解释或替代证据的合理性，并考虑其是否符合一般的商业实践。

6. 考虑持续性：审计师需要考虑这些应付款项是否具有持续性，如果是一次性的或异常的，可能需要更多的审计证据。

7. 判断重要性：审计师会根据这些应付款项的金额和性质，判断其对财务报表整体的重要性，以确定需要采取的审计程序的深度和范围。

通过以上程序，审计师可以形成审计意见，判断其他应付款项是否应该被确认并在财务报表中列示。如果缺乏足够的证据，审计师可能需要在审计报告中反映这一情况，或者要求企业进行调整。