根据企业会计准则，当A公司将未实缴的1%股权以0元转让给其母公司甲公司时，这属于同一控制下的股权转移。甲公司替A公司缴纳的企业所得税，实质上是对A公司股权价值的补偿，这部分税款应该视为A公司的额外成本，由甲公司承担。在甲公司的账面上，可以按照以下方式处理：

1. 计算出A公司因股权转让应缴纳的企业所得税金额。
2. 甲公司在支付这笔税款时，借记“长期股权投资”（反映对A公司的投资增加，因为这是由于A公司的股权转移导致的），贷记“银行存款”（表示实际支付的税款）。
3. 如果甲公司认为这是对A公司的资本性投入，也可以选择借记“资本公积”或其他适当科目，反映甲公司对A公司的资本增加。

请注意，具体的会计处理需要考虑税法和当地会计准则的具体规定，以及甲公司管理层的意图。在实际操作中，可能还需要咨询税务顾问以确保合规。