在这种情况下，A公司转让其未实缴的1%股权给其母公司甲公司，属于同一控制下的股权转移。由于转让价格为0，A公司不会产生任何损益。然而，甲公司替A公司缴纳的企业所得税，实际上是对A公司股权价值的补偿，这部分税款应该在A公司的账面上反映为一项经济利益的流出。

根据企业会计准则，A公司应将此笔税款确认为一项费用。具体账务处理如下：

1. A公司记录收到的甲公司的补偿（即企业所得税金额），借记“资本公积”或其他适当的科目，反映这一非日常活动产生的经济利益流入。
2. 同时，A公司应记录企业所得税的支出，贷记“资本公积”或其他相应科目，以反映这笔费用。

请注意，实际的会计处理可能会根据当地税法和会计准则的具体规定有所不同，建议咨询专业会计人员以确保合规。