工程施工企业在处理工资相关的税务时，应按照企业会计准则和增值税核算制度进行操作。当企业发生工资支出时，应先将工资计入成本费用，借记“生产成本”、“制造费用”、“管理费用”等相关科目，贷记“应付职工薪酬”科目。在实际支付工资时，借记“应付职工薪酬”科目，贷记“银行存款”等科目。

根据税法规定，合理的职工薪酬基本允许税前扣除。如果工资支出超过了税法规定的税前扣除标准，超出部分需要进行纳税调整，不会影响未来期间的计税。例如，如果会计准则下计入成本费用的工资总额超过了税法允许扣除的金额，超出部分应在当期进行调整，并确认为应交税费。

同时，企业还需要考虑与工资相关的社会保险费、住房公积金等，这些通常也是从职工工资中代扣代缴的。这些支出在发生时，借记“应付职工薪酬”科目，贷记“银行存款”等科目，同时根据规定，企业为职工计算缴纳的社会保险费和住房公积金，也会相应借记“应付职工薪酬”科目，贷记“应付职工薪酬”下的明细科目（如“社会保险费”、“住房公积金”）。

在增值税方面，如果工资成本允许扣减销售额，企业取得合规的增值税扣税凭证并纳税义务发生时，会借记“应交税费——应交增值税（销项税额抵减）”或“应交税费——简易计税”，贷记“应付职工薪酬”等科目。

总的来说，工程施工企业要确保工资及相关社会保障费用的处理既符合会计准则，又满足税法要求，以保持税务合规。