在子公司不能抵扣进项税的情况下，如果这些税额已全部计入存货成本，那么在编制合并财务报表时，母公司在抵销内部交易时，不会直接抵销这部分不能抵扣的进项税额。存货中的税额会体现在子公司的存货成本中，这部分成本在销售给外部客户时会转化为销项税的基础。因此，抵销分录主要针对内部销售的营业收入和营业成本，而不涉及不能抵扣的进项税额。例如：

1. 抵销内部销售的营业收入： 借：营业收入（子公司确认的销售收入） 贷：营业成本（子公司确认的销售成本）

2. 抵销内部销售的营业成本： 借：营业成本（母公司确认的销售成本） 贷：存货（子公司持有的、包含不能抵扣进项税的存货成本）

3. 如果有未实现的内部销售损益，还需要考虑存货跌价准备的抵销： 借：存货——存货跌价准备（子公司计提的） 贷：资产减值损失（母公司对应的部分）

4. 对于不能抵扣的进项税额，它会体现在子公司的存货成本中，但不会在抵销分录中单独处理，因为它是子公司存货的一部分，会在存货对外销售时影响销项税的计算。

请注意，具体的抵销分录可能会因实际情况和会计政策的不同而有所变化，以上处理是基于一般原则的解释。