当子公司在当年被注销，通常是因为企业合并、清算或其他原因导致其不再作为独立的法人实体存在。在合并财务报表的处理中，根据企业会计准则，以下步骤应当考虑：

1. 合并程序：母公司应当将整个企业集团视为一个会计主体，合并所有子公司的财务报表，包括被注销的子公司。即使子公司在报告期被注销，其期初资产、负债和净资产项目金额应当包括在合并资产负债表的期初数中，期初至注销日的收入、费用项目金额应当包括在本期合并收入费用表的本期数中，其引起的净资产变动金额应体现在合并资产负债表的期末数中（参照政府会计准则）。

2. 内部交易抵销：母公司将抵销与子公司之间的长期股权投资与在子公司所有者权益中所享有的份额，以及任何内部交易的影响。

3. 处置或关闭的影响：如果子公司是通过处置或关闭的方式注销，那么在合并报表中，需要根据《企业会计准则第33号——合并财务报表》处理剩余股权的公允价值，以及与处置相关的投资收益或损失。

4. 终止经营的列报：如果子公司符合终止经营的定义，相关损益应在合并利润表中单独列报，并按照准则规定进行披露。

5. 附注披露：需要在合并财务报表附注中详细披露注销子公司的相关信息，包括注销的原因、过程和对合并财务报表的影响。

因此，合并财务报表时，需要考虑被注销子公司自年初至注销日的财务信息，并根据上述原则进行会计处理和披露。