根据2023年税务师考试辅导资料，对于因自然灾害导致的库存商品毁损，其已抵扣的进项税额不需要转出。因此，对于成本为20000元的包装物，由于是自然灾害导致的毁损，其已抵扣的进项税额不需要转出。

对于因管理不善导致的免税农产品霉烂，根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第十条的规定，非正常损失的购进货物，以及相关的加工修理修配劳务和交通运输服务，其进项税额不得从销项税额中抵扣。因此，需要计算并转出这部分已抵扣的进项税额。

免税农产品的账面成本为43000元，其中包括支付给一般纳税人运输企业的运费成本为3000元。根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第五条的规定，购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和11%的扣除率计算进项税额。

计算进项税额转出： 1. 农产品部分：43000元 - 3000元 = 40000元 进项税额 = 40000元 × 11% = 4400元 2. 运费部分：3000元 × 11% = 330元

总进项税额转出 = 4400元 + 330元 = 4730元

因此，该大型超市当期应转出进项税额为4730元。选项中没有完全匹配的答案，但最接近的是C选项4744.44元。

参考： - 2023年税务师考试辅导