根据企业会计准则第14号——收入（2017）-第一章 总则-第二条，收入是指企业在日常活动中形成的、会导致所有者权益增加的、与所有者投入资本无关的经济利益的总流入。在这个案例中，A公司作为城投公司，其主要职责是根据政府方的预算和考核方案，将污水处理费从政府方转移到丙公司（项目公司）。

A公司在此过程中，实际上是作为资金的中转方，并未直接参与污水处理服务的提供，也没有承担与污水处理服务相关的风险和报酬。因此，A公司的角色更接近于一个代理或中介，其收入应按照净额法确认，即仅确认其作为中介所获得的差价或手续费，而不是整个污水处理费的总额。

具体操作上，A公司应将收到的污水处理费确认为负债（如“应付账款”），并在支付给丙公司时，将差额确认为收入。这种处理方式符合企业会计准则中关于收入确认的原则，即收入应反映企业实际提供的服务或商品的价值，而不是简单的资金流转。

综上所述，对于A公司而言，其收到政府方一次性支付的污水处理费和根据考核方案再支付给项目公司的污水处理费，应按照净额法确认收入。