承租人在融资租赁中支付的保证金，通常不会确认为长期应收款。根据企业会计准则，保证金的会计处理如下：

1. 承租人支付保证金时，应借记“其他应付款——租赁保证金”科目，贷记“银行存款”科目。

2. 如果保证金用于抵扣未来的租金支付，且只有在承租人履行租赁合同义务时才能行使这一权利，那么保证金不会立即冲减租赁负债或使用权资产。只有在实际抵扣租金时，才会调整相关科目。

3. 如果承租人违约，保证金可能被没收，此时根据租赁合同条款，没收的保证金可能记入“营业外收入”或其他相关科目。

4. 如果保证金不用于抵扣租金，且在租赁期结束后退还给承租人，那么保证金应在租赁期间内保持在“其他应付款”科目下，直至租赁结束退还给承租人。

因此，保证金通常不会体现在长期应收款科目中，而是作为流动负债在“其他应付款”科目中核算。