员工工资通常应该通过“应付职工薪酬”科目进行核算，这是企业会计准则的要求。根据《企业会计准则第9号——职工薪酬》，企业应当在职工为其提供服务的会计期间，根据规定的计提基础和计提比例计算确定相应的职工薪酬金额，并确认相应负债，计入当期损益或相关资产成本。如果员工工资未通过“应付职工薪酬”科目核算，那么这可能不符合会计准则的规定，可能导致财务报表的不准确性和合规性问题。正确的做法是将应付的工资记入“应付职工薪酬”科目，并在实际支付时进行相应的账务处理，借记该科目，贷记“银行存款”等科目。如果这种情况持续存在，企业需要纠正其会计处理，以确保财务信息的完整性和准确性。