根据企业会计准则第14号-收入，当企业提供商品或服务但按照合同约定仅部分确认收入时，应当按照合同的履行进度确认收入。如果已经给客户全额开具了发票，但实际收入应按比例确认，记账处理如下：

1. 在提供商品或服务的部分阶段，按照合同完成的比例，确认收入和相应成本： 借：应收账款（按确认的收入金额） 贷：主营业务收入（按确认的收入金额） 借：主营业务成本（按确认的成本金额） 贷：库存商品或劳务成本（按确认的成本金额）

2. 如果已开具的发票金额超过了按比例应确认的收入，那么超出部分的金额应反映在合同负债（或预收账款）科目中，表示客户预付的但尚未确认的收入： 借：银行存款或应收账款（按发票全额） 贷：主营业务收入（按确认的收入金额） 合同负债（按预收但未确认的金额）

3. 当后续满足收入确认条件时，再从合同负债转为主营业务收入。

请注意，确认收入的关键在于满足收入确认的五步法原则：识别合同、识别履约义务、确定交易价格、分配交易价格至各履约义务、履行义务确认收入。在这个例子中，虽然全额开票，但收入确认应基于合同约定的履行进度。