根据企业会计准则第33号——合并财务报表（2014）的规定，投资方持有被投资方半数以上的表决权通常被视为拥有对被投资方的权力。在本案例中，A公司已经支付了B公司50%的股权对价款，但这并不自动意味着A公司能够立即合并B公司的财务报表。合并财务报表的编制需要考虑A公司是否已经实际取得了对B公司的控制权，这不仅要看股权比例，还要综合考虑其他因素，如协议安排、实质性权力、对关键管理人员的任命权、重大交易的决策权等。

如果A公司支付的50%股权对价款是根据协议且满足合并条件的一部分，同时A公司能够基于这些股权对B公司的相关活动实施控制，那么A公司可能有权将B公司纳入合并财务报表。然而，如果工商执照变更尚未完成，可能存在法律上的不确定性，这可能会影响A公司对B公司的控制权的实际行使。

因此，A公司在支付了50%股权对价且尚未完成工商变更的情况下，是否能合并B公司的财务报表，需要进一步评估A公司是否已经实质上拥有了控制权。如果A公司尚未达到控制B公司的标准，那么不应将其合并进财务报表。