当长期股权投资由成本法转为权益法核算时，对于原投资期间被投资单位实现的净利润，投资方应当按照权益法追溯调整，调整的金额会增加长期股权投资的账面价值，并相应调整留存收益，其中盈余公积是留存收益的一部分，因此这部分调整会体现在盈余公积的增加上。对于原计入其他综合收益的累计公允价值变动，应当在终止采用成本法核算时，采用与被投资单位直接处置相关资产或负债相同的基础进行会计处理，可能调整至投资收益或其他综合收益，进而影响盈余公积。

总结来说，成本法转权益法时，盈余公积的处理取决于追溯调整的净利润和原计入其他综合收益的公允价值变动情况。净利润部分会直接调整盈余公积，而原计入其他综合收益的公允价值变动则可能根据具体情况调整盈余公积或投资收益。