在合并财务报表中，如果子公司少数股东没有按照其持股比例出资，这通常意味着少数股东权益的金额将小于其理论上的应有值。根据企业会计准则，合并报表需要反映这种实际情况。具体处理方式如下：

1. 如果少数股东未出资，其在子公司所有者权益中的份额应当按照实际出资情况来确定，而不是按照其持股比例计算的理论值。
2. 在合并资产负债表中，少数股东权益将反映为实际收到的出资额，而不是按持股比例计算的理论权益。
3. 如果子公司在此后的经营中产生了利润，这部分利润中属于少数股东的部分，应当增加少数股东权益，即使他们未全额出资。
4. 如果子公司亏损，按照准则第三十七条，子公司少数股东分担的亏损超过其在期初所有者权益中享有的份额，其余额仍应冲减少数股东权益，即使他们未全额出资。

因此，在合并报表中，对于未出资的少数股东，其权益将体现为实际出资额对应的权益，而不是其持股比例所暗示的全额权益。在编制合并财务报表时，需要根据实际出资情况进行调整。