根据企业会计准则第20号——企业合并（2006）的规定，购买方在购买日对作为企业合并对价付出的资产、发生或承担的负债应当按照公允价值计量，且在支付了合并价款的大部分（一般认为是50%以上）并且有能力、有计划支付剩余款项时，可以认为购买方已经取得对被购买方的控制权。然而，工商执照变更通常是企业合并中的一项法定程序，虽然其完成与否不影响控制权转移的判断，但如果未完成工商变更，可能存在法律上的不确定性。

因此，如果A公司已经支付了B公司50%的股权对价款，并且有能力和计划支付剩余款项，同时能够实质上对B公司实施控制（例如通过委派董事、管理人员等方式），即使尚未办理完成工商执照变更，A公司可能可以将B公司纳入合并财务报表。但需要注意的是，是否能够并表还需要考虑是否存在其他实质性障碍，比如是否存在法律或监管方面的限制，以及是否能够实际行使控制权等因素。