根据企业所得税法实施条例的规定，企业受托加工制造大型机械设备等，持续时间超过12个月的，按照纳税年度内完工进度或者完成的工作量确认收入的实现。这意味着，如果研发项目在2023年12月提交结题验收申请，但依托的项目工程是在2024年才计量确认收入，那么收入的确认应该基于工程的完工进度或工作量在2023年和2024年之间的实际分布。

对于成本，通常情况下，成本应与相关的收入相匹配。如果研发项目在2023年完成了大部分工作，即使收入在2024年确认，与这些工作相关的成本应在2023年根据完成的工作量比例进行部分确认。剩余的成本则在2024年收入确认时对应结转。因此，2023年的成本会根据实际完成的工作量部分确认，而未完成部分的成本会在2024年确认。

请注意，具体会计处理应根据实际情况和会计政策来确定，可能需要专业会计人员根据具体情况来判断成本和收入的归属年度。