当B公司从A公司处购买其在共有知识产权中的份额，评估作价为4万元，实际支付2万元时，B公司应按照以下方式进行会计处理：

1. B公司应将这部分无形资产的公允价值4万元确认为其无形资产的成本，即使实际支付的款项只有2万元。这是因为B公司获得了知识产权的一部分权益，这部分权益的公允价值是4万元。
2. B公司实际支付的2万元，应借记“无形资产”科目，表示无形资产的增加。
3. 同时，B公司应贷记“银行存款”科目，反映实际支付的款项。
4. 对于未支付的差额2万元，由于是由于评估增值导致的，根据企业会计准则，这部分差额不应直接计入资本公积，而是作为B公司对A公司的负债，可以记入“应付账款”或其他适当的负债科目。

具体账务处理如下（假设B公司支付的款项为2万元）：

借：无形资产                40,000元
贷：银行存款                20,000元
    应付账款或其他应付款  20,000元

在这里，B公司无形资产入账4万元，差额2万元作为应付账款，而不是资本公积。