当A公司将共有知识产权的部分份额转让给B公司时，B公司需要根据评估作价支付相应的款项。根据企业会计准则，B公司在这种情况下应进行以下会计处理：

1. B公司应将支付的款项确认为无形资产的成本，这部分无形资产代表其在共有知识产权中获得的新权益。
2. 如果评估作价能够可靠计量，且满足无形资产的确认条件（即与该无形资产有关的经济利益很可能流入企业，且其成本能够可靠地计量），B公司应按照支付的金额借记“无形资产”科目。
3. 同时，B公司应贷记相应的支付科目，如“银行存款”，以反映支付的款项。

具体账务处理如下（假设B公司支付的款项为X元）：

借：无形资产                X元
贷：银行存款                X元

这笔交易反映了B公司对共有知识产权增加的投资，并在账面上记录了相应价值的无形资产。