根据企业会计准则第3号——投资性房地产（2006）-第四章 转换-第十六条：自用房地产或存货转换为采用公允价值模式计量的投资性房地产时，投资性房地产按照转换当日的公允价值计价，转换当日的公允价值小于原账面价值的，其差额计入当期损益；转换当日的公允价值大于原账面价值的，其差额计入所有者权益。

在本案例中，甲公司将原作为固定资产核算的写字楼转换为采用公允价值模式计量的投资性房地产，转换当日的公允价值为46000万元，原账面价值为40000万元（原值40000万元减去已计提折旧2000万元），公允价值大于原账面价值的差额为6000万元。根据准则规定，这个差额应计入所有者权益。

同时，根据企业会计准则第28号——会计政策、会计估计变更和差错更正（2006）-第四章 前期差错更正-第十三条：确定前期差错影响数不切实可行的，可以从可追溯重述的最早期间开始调整留存收益的期初余额，财务报表其他相关项目的期初余额也应当一并调整，也可以采用未来适用法。

因此，甲公司应当将公允价值与原账面价值的差额6000万元调整期初留存收益。由于甲公司按净利润的10%提取盈余公积，适用的所得税税率为25%，这部分差额在调整未分配利润时需要考虑所得税的影响。

税后差额 = 6000万元 * (1 - 25%) = 4500万元 提取盈余公积 = 4500万元 * 10% = 450万元 调整后的未分配利润 = 4500万元 - 450万元 = 4050万元

因此，变更日调整甲公司资产负债表中“未分配利润”项目期初余额是4050万元。选项中没有这个答案，但根据计算结果，最接近的选项是C. 5400万元，这可能是由于计算或理解上的误差。正确的答案应该是4050万元。