根据参考条款中的内容，以下是对用户问题的分析回答：

A. 根据《国家税务总局关于走逃（失联）企业开具增值税专用发票认定处理有关问题的公告》（国家税务总局公告2016年第76号）第二条第（一）项规定，直接走逃失联不纳税申报，或虽然申报但通过填列增值税纳税申报表相关栏次，规避税务机关审核比对，进行虚假申报的，其所对应属期开具的增值税专用发票属于异常凭证。因此，选项A是正确的。

B. 参考条款中没有提到增值税一般纳税人申报抵扣异常凭证进项税额累计占同期全部增值税专用发票进项税额50％(含）以上的情况，因此选项B没有依据。

C. 根据《国家税务总局关于走逃（失联）企业开具增值税专用发票认定处理有关问题的公告》（国家税务总局公告2016年第76号）第二条第（一）项规定，商贸企业购进、销售货物名称严重背离的，其对应开具的增值税专用发票属于异常凭证。因此，选项C是正确的。

D. 参考条款中没有提到纳税人尚未申报抵扣、尚未申报出口退税或已作进项税额转出的异常凭证，其涉及的进项税额计入异常凭证进项税额的计算的情况，因此选项D没有依据。

E. 根据《四问四答了解异常增值税扣税凭证的处理》中的内容，纳税人对税务机关认定的异常凭证存有异议，可以向主管税务机关提出核实申请。因此，选项E是正确的。

综上所述，正确的选项是A、C和E。

参考： - 国家税务总局关于走逃（失联）企业开具增值税专用发票认定处理有关问题的公告 - 四问四答了解异常增值税扣税凭证的处理