在非同一控制下的企业合并中，第三方评估机构在执行审计程序时，主要关注以下几个方面：

1. 评估公允价值的合理性：审计师需要验证评估机构使用的评估方法和假设是否合理，以及评估结果是否公允反映了被购买方可辨认资产、负债及或有负债的公允价值。

2. 检查评估过程的合规性：审计师应检查评估机构是否遵循了相关的评估准则和最佳实践，包括评估方法的选择、市场数据的收集和分析、以及评估报告的编制等。

3. 核实评估依据：审计师需要核实评估机构所依据的数据和信息是否准确、完整，包括市场数据、财务数据、行业分析等。

4. 复核评估报告：审计师应详细复核评估报告，确保报告中的信息准确无误，并且与企业的会计记录和财务报表一致。

5. 沟通与确认：审计师可能需要与评估机构进行沟通，确认评估过程中的关键假设和判断，以及对评估结果的影响。

6. 测试和验证：审计师可能需要进行一些测试，如抽样检查评估过程中的计算和分析，以验证评估结果的准确性。

7. 评估风险：审计师需要评估与评估过程相关的风险，包括潜在的利益冲突、评估师的专业能力和独立性等。

8. 报告和披露：审计师应确保所有相关的评估信息和结果都在财务报告中得到适当的披露。

这些审计程序有助于确保第三方评估机构的工作符合会计准则和审计标准，从而保证企业合并会计处理的准确性和公允性。