根据企业会计准则第16号——政府补助（2017）-第一章 总则-第二条，政府补助是指企业从政府无偿取得货币性资产或非货币性资产。同时，根据补充十与收入相关的政府补助，企业与政府发生交易所取得的收入，如果该交易具有商业实质，且与企业销售商品或提供劳务等日常经营活动密切相关的，应当按照《企业会计准则第14号——收入》的规定进行会计处理。

在判断该交易是否具有商业实质时，应考虑该交易是否具有经济上的互惠性，与交易相关的合同、协议、国家有关文件是否已明确规定了交易目的、交易双方的权利和义务，如属于政府采购的，是否已履行相关的政府采购程序等。

因此，如果公司与部队政府机构签订的技术服务合同具有商业实质，且与公司的日常经营活动密切相关，应当确认为收入。如果该交易不具有商业实质，或者不符合收入确认的条件，则应确认为政府补助。具体应根据合同的具体内容和交易的实质来判断。