自然人股东转让股权涉及的印花税，应当由转让方，即自然人股东，自行申报并缴纳。具体的申报流程通常包括以下步骤：

1. 签订股权转让协议：转让方和受让方签订股权转让协议，协议中应列明转让价格等关键信息。
2. 计算印花税：根据股权转让协议的金额，按照当地的印花税税率计算应缴纳的印花税。
3. 填写申报表：转让方需要填写印花税申报表，如实申报股权转让的交易金额和应缴纳的税额。
4. 提交申报：将填写好的申报表及相关资料（如股权转让协议复印件）提交给当地税务机关。
5. 缴纳印花税：根据税务机关的指示，转让方通过银行转账或其他指定方式缴纳印花税。
6. 获取完税证明：缴纳完毕后，税务机关会出具完税证明，转让方应妥善保管，以备后续查证。

请注意，具体的申报流程和所需资料可能会因地区不同而有所差异，建议咨询当地税务机关获取最准确的指导。