根据企业会计准则，其他权益工具通常是指企业发行的、归类为权益工具的金融工具，例如优先股或永续债。然而，你提到的情况似乎是在讨论对被投资单位的股权投资，特别是当这种投资被指定为以公允价值计量且其变动计入其他综合收益的金融资产时（即其他权益工具投资）。

如果一个企业按持股比例计算其在被投资单位账面净资产中的份额，这通常与权益法核算长期股权投资有关。在权益法下，投资方应根据其持股比例确认其在被投资单位净收益或净损失中的份额，以及在被投资单位其他综合收益中的份额。如果按持股比例计算的被投资单位账面净资产明显低于该投资在企业账面上的余额，可能存在以下几种情况：

1. 被投资单位的净资产发生了减值，这可能导致投资方需要评估其长期股权投资是否发生减值，并可能需要计提减值准备。
2. 投资方可能需要重新评估其对被投资单位的分类，尤其是在其他权益工具投资的背景下。如果被投资单位的状况发生变化，使得投资不再适合划分为以公允价值计量且其变动计入其他综合收益的金融资产，那么可能需要进行重分类。

在这种情况下，企业需要根据具体情况，参照《企业会计准则第2号——长期股权投资》和《企业会计准则第22号——金融工具确认和计量》的相关规定，进行适当的会计处理。如果账面余额高于按持股比例计算的被投资单位账面净资产，可能需要对长期股权投资进行调整，或者考虑是否存在减值迹象。但请注意，这里没有详细信息来确定具体应该如何处理，实际操作中需要详细分析所有相关事实和情况。