在同一控制下的企业合并中，如果被合并方有两个或多个股东，合并方需要按照被合并方所有者权益在最终控制方合并财务报表中的账面价值的份额来确定长期股权投资的初始成本。这意味着，不论被合并方有多少个股东，关键在于这些股东是否受同一最终控制方控制。如果被合并方的所有股东都受同一最终控制方控制，那么合并方在合并财务报表中会将被合并方的资产、负债按照其在最终控制方财务报表中的账面价值并入，同时调整资本公积（资本溢价或股本溢价），如果资本公积不足冲减，则依次冲减盈余公积和未分配利润。合并方还需要考虑被合并方已宣告但尚未发放的现金股利或利润，相应调整长期股权投资的初始成本和应收股利。