当最终控制方向其全资孙公司注资时，中间层的子公司在编制合并财务报表时，不需要进行实质性的会计处理，因为在这种情况下，孙公司已经是母公司的全资子公司，注资不会改变这一事实。母公司的注资会直接反映在孙公司的所有者权益中，而子公司作为中间层，其合并财务报表主要是合并母公司和孙公司的财务信息。

在合并财务报表中，母公司的长期股权投资（即对孙公司的投资）将保持100%的比例，因为控制权没有发生变化。母公司的投资增加与孙公司所有者权益的增加相抵消，不会对合并财务报表的资产和负债总额产生影响。同时，由于不存在其他投资者，因此也不会涉及少数股东权益的调整。

总结来说，子公司在编制合并财务报表时，应按照《企业会计准则第33号——合并财务报表》的规定，确保合并财务报表准确反映集团的整体财务状况，即母公司的注资在合并层面表现为所有者权益的内部增减，不涉及子公司自身的会计处理。