公司投资的项目公司未按约定支付股权回购款时，除了申请强制执行，还可以采取以下措施：

1. 协商解决：与项目公司进行沟通，寻求达成新的还款计划或调整回购条款。

2. 法律诉讼：如果协商无果，可以采取法律手段，比如提起民事诉讼，要求项目公司履行回购义务。

3. 债务重组：与项目公司协商债务重组，可能包括延长还款期限、降低利率、分期支付等。

4. 资产抵押或担保：如果项目公司有其他资产作为抵押或担保，可以尝试通过这些资产来保障公司的权益。

5. 寻求第三方介入：可以寻找其他投资者或金融机构，通过转让股权或引入新的资金来解决回购问题。

6. 调解或仲裁：如果双方同意，可以通过调解机构或仲裁庭来解决争议。

7. 行使股东权利：作为股东，公司可以参与项目公司的决策，推动其改善经营状况以提高回购能力。

8. 税务和法律咨询：咨询专业顾问，了解是否有其他法律或税务策略可以帮助公司减轻损失。

每种方法都有其适用条件和风险，公司应根据具体情况和法律建议选择合适的方式。