根据《企业会计准则第33号——合并财务报表》第24条，总公司与分公司之间属于同一控制下的会计实体，分公司的经济活动归属于总公司。因此，分公司签订的采购合同中涉及的货物或服务的购买行为，实质上是总公司通过分公司进行的。

关于开具发票的问题，根据现行增值税制度规定，合同双方应根据经营活动实质开具或者接收发票。若分公司无法开具发票，而总公司代替开具发票并支付货款的行为，需要符合《中华人民共和国增值税暂行条例》及其实施细则等相关税法规定。具体到该案例，若总公司实际承担了货款支付的义务，并实质受益于所采购的货物或服务，则总公司可以代替分公司开具发票并支付货款。

综上所述，总公司可以代替分公司开具发票并支付货款，但这一行为需要遵守相关税法规定，确保发票开具的真实性和合规性。同时，总公司在会计处理上应当正确反映这一交易的实质，按实际的经济活动进行分录记账。