分公司如果无法开具发票和支付货款，总公司可以代替分公司开具发票并完成支付，但是需要遵守国家的税法规定。根据现行增值税制度，发票的开具应当符合实际的经营活动，因此总公司在开具发票前，应确保符合税法的要求，并在会计处理上正确地反映这一交易的实质。在这个过程中，总公司和分公司之间的交易应当消除，并在合并财务报表中只反映总公司对外部交易的实际结果。

根据《企业会计准则第14号——收入》第五章第三十四条，企业应当根据其在向客户转让商品前是否拥有对该商品的控制权，来判断其从事交易时的身份是主要责任人还是代理人。如果总公司作为主要责任人进行开票和付款，应当反映相应的收入及成本，并按照实际发生的交易进行会计处理。如果总公司仅作为代理人执行付款和开票，则应当仅反映其应获得的代理费收入。在开票时，总公司需根据税务规定正确地开具发票，确保增值税的正确计算和缴纳。