专项应付款通常是指企业收到的用于特定用途的款项，如政府补助、科研项目资金等。根据《企业会计准则第16号——政府补助》的规定，专项应付款的会计处理如下：

1. 当企业收到专项拨款时，借记“银行存款”科目，贷记“专项应付款”科目，表明企业收到了一笔需要专款专用的资金。

2. 在使用该款项进行相关支出时，借记“研发支出”、“在建工程”等科目，贷记“银行存款”等科目。如果支出符合资本化条件，相关支出最终会形成资产。

3. 如果拨款不需要偿还，且项目完成后有剩余资金，这部分资金应根据具体情况处理。如果允许留作企业自有资金，可能需要转增资本或冲减相关资产的账面价值；如果需要归还，应将剩余资金偿还给拨款方。

4. 如果拨款需要偿还，企业应在偿还时借记“专项应付款”科目，贷记“银行存款”科目。

5. 如果拨款与资产相关，且形成的资产在使用寿命内分期计提折旧或摊销，那么折旧或摊销时，借记“管理费用”等科目，贷记“累计折旧”或“累计摊销”。

6. 对于与收益相关的政府补助，如果采用总额法处理，应在满足补助条件时确认为其他收益，借记“专项应付款”科目，贷记“其他收益”科目。

请根据实际情况，结合上述原则进行具体的会计处理。