当子公司注销时，母公司在合并财务报表中需要对子公司的盈余公积进行调整。根据企业会计准则，子公司注销后，其所有者权益，包括盈余公积，应当转入母公司。如果子公司盈余公积超过母公司按照持股比例计算的应享有的部分，超出部分应当冲减母公司的资本公积，如果资本公积不足冲减，再依次冲减母公司的盈余公积和未分配利润。在合并工作底稿中，这通常表现为借记“资本公积”、“盈余公积”和“未分配利润”项目，贷记“长期股权投资”项目，以反映子公司盈余公积的归属。如果子公司盈余公积中有法定盈余公积，这部分在合并报表中应予以保留，而任意盈余公积则可以根据母公司的决策进行处理。因此，母公司的调整会根据子公司盈余公积的构成和母公司对子公司的持股比例来确定。