在这种情况下，A公司收到的工程款应作为预收款处理，会计分录如下：

1. 收到工程款并开具增值税专用发票： 借：银行存款 贷：预收账款

税务处理方面，尽管A公司已经开具了增值税专用发票，但由于工程未完工且未取得验收单，收入确认条件不满足，因此A公司不应立即计算销项税额并申报纳税。在工程验收合格，满足收入确认条件时，再根据实际完成的工程量计算销项税额并进行纳税申报。

请注意，A公司需要确保在工程验收合格后，及时调整账务，将预收账款转为营业收入，并计算相应的销项税额。同时，如果工程验收后发现有需要调整的工程款，应相应调整预收账款和营业收入。在税务上，应根据实际完成的工程量计算销项税额，并在当期进行纳税申报。